1. 판결 내용
 
가. 취득세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것인바, 이러한 납세의무자의 신고행위가 당연무효라고 하기 위해서는 그 하자가 중대하고 명백하여야 함이 원칙이다. 그리고 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다. 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로써 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가(그 하자가 중대하지만 명백하지 않더라도) 당연무효라고 함이 타당하다.
 
나. 원심은 원고가 1999. 12. 16. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 자진신고한 사실, 피고가 2000. 5. 16. 및 2003. 4. 1. 원고에게 이 사건 부동산에 대한 취득세 등의 납부를 각 고지하였음에도 원고는 이 사건 소를 제기하기까지 과세관청 등에 이 사건 신고행위의 하자를 이유로 한 불복청구를 하지 아니한 사실 등을 종합하면, 이 사건 신고행위의 하자가 명백하다고 할 수 없으므로, 이 사건 신고행위를 당연무효로 볼 수 없다고 판단하였다.
 
다. 그러나 다음과 같은 사정, 즉 취득세 등에 관한 이 사건 신고행위의 경우에는 그 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 것으로 보이는 점, 원고가 이 사건 부동산에 관하여 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못했을 뿐만 아니라, 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건도 갖추지 못함에 따라 이 사건 부동산의 취득에 기초한 이익 등을 향유한 바 없는 것으로 보이는 점, 이와 같이 지방세법에 규정된 취득이라는 과세요건이 완성되지 않는 등의 중대한 하자가 있고, 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 불구하고, 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 원고에게 그대로 감수시키는 것이 원고의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 보이는 점, 이 사건 신고행위를 당연무효로 보더라도 과세행정의 원활한 운영에 지장이 있다고 단정하기 어려운 점 등을 종합하면, 그 하자가 중대한 이 사건 신고행위의 경우에는 이를 당연무효라고 볼 만한 특별한 사정이 있다. 이 사건 신고행위를 당연무효로 볼 수 없다고 판단한 원심판결에는 취득세 신고행위의 당연무효에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.


2. 행정처분의 무효와 취소의 구별기준
 
가. 기존의 원칙
① 행정처분의 무효와 취소의 구별기준에 관하여서는 종래의 통설과 판례는 중대명백설의 입장에 서있었다. 
 
즉, 행정처분의 하자의 내용이 중대한(wesentlich) 법규위반이고, 그 하자의 존재가 명백하면(offenbar) 무효, 그렇지 아니하면 취소 사유가 된다{국민의 권리구제를 위해서는 하자가 중대한 경우에는 무효로 하여야 할 것이나 행정목적의 달성이 저해되고 제3자의 신뢰가 침해될 수 있기 때문에 하자의 존재가 명백하여야 한다는 요건도 갖추어야 무효로 볼 수 있다. 하자가 중대하다는 것은 행정처분이 중요한 법률요건을 위반하고 그 위반의 정도가 상대적으로 심하다는 것이고, 명백하다는 것은 하자가 일반인의 인식을 기준으로 할 때 외관상 명백하다는 것이다(박균성 행정법론上 p378-379면, 김동희 행정법Ⅰ p324-325면 참조, 홍정선 행정법론.上 p350-353 참조)}.
 
② 명백보충설은, 행정처분의 무효는 그 하자가 중대한 법규위반임은 항상 요구되지만 그 명백성은 법적안정성이나 제3자 신뢰보호요청이 있는 경우에만 요구된다는 견해이다. 즉, 명백성은 법적안정성, 행정의 원활한 수행, 제3자 신뢰보호의 경우에만 요구되고 따라서 동일한 처분이 대량으로 행하여졌거나 이해관계에 있는 제3자가 있는 경우에만 요구되고 그 이외 경우 요구되지 않는다.
 
③ 구체적 가치형량설
구체적사안마다 국민의 권리구제요청과 행정의 법적안정성, 제3자 이익보호 요청을 형량하여 무효, 취소여부를 결정하자는 학설로서  하자의 효과의 개별화를 주장한다. 구체적 타당성을 지향하는 장점을 가지지만 행정처분의 무효와 취소의 구별 기준을 제시하지 못하는 단점이 있다.
 
나. 최근 학설과 판례의 경향
① 일본 최고재판소의 소화40년 8. 17. 판결은 “과세처분이 과세청과 피과세자간에만 존재하는 것으로서, 당해 처분에 있어 내용상의 과오가 과세요건의 근간에 대한 것이고, 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하여도 여전히 불복신청기간의 도과에 의한 불가쟁적 효과의 발생을 이유로 하여 피과세자에 위 처분에 의한 불이익을 감수시키는 것이 현저히 부당하다고 인정될 수 있는 예외적인 사정이 있는 경우에 하자는 당해 처분을 당연무효로 하는 것으로 보는 것이 상당하다”고 했다.
 
위 판결은 당해 과세처분에는 중대한 하자가 있는 것은 인정하였으나, 명백성에 대해서는 따로 검토하지 않고, 납세자가 전혀 관계사실을 부지하고 있었던 점, 징세행정상 특별한 지장이 생기는 것은 아니라는 점 등을 고려하여, 당해 처분을 무효라고 판단하였다.
 
위 판결이후 명백보충설이 우리나라와 일본의 다수설 및 최근 우리 대법원 판례의 경향이라고 볼 수 있다.
 
② 대법원 95. 7. 11. 94누4615 전원합의체 판결의 다수의견은 중대명백설에 따르고 있으나 소수의견은 “행정행위의 무효사유를 판단하는 기준으로서의 명백성은 행정처분의 법적 안정성확보를 통하여 행정의 원활한 수행을 도모하는 한편, 그 행정처분을 유효한 것으로 믿은 제3자나 공공의 신뢰를 보호하여야 할 필요가 있는 경우에 보충적으로 요구되는 것으로써 그와 같은 필요가 없거나 하자가 워낙 중대하여 그와 같은 필요에 의하여 처분의 상대방의 권익을 구제하고 위법한 결과를 시정할 필요가 훨씬 더 큰 경우라면 그 하자가 명백하지 않더라도 그와 같이 중대한 하자를 가진 행정처분은 당연무효라고 보아야 한다”라고 설시하였고, 헌법재판소는 94. 6. 30. 92헌바23 결정에서 “위헌법률에 근거한 행정처분의 효력은 원칙적으로 하자 중대하기는 하나 명백한 것이라고 할 수 없다는 의미에서 당연 무효가 되지는 아니하지만 다만 당해행정처분을 행정처분을 무효로 하더라도 법적 안정성을 크게 해치지 않는 반면에 그 하자가 중대하여 그 구제가 필요한 경우에 대하여서는 그 예외를 인정하여 이를 당연무효사유로 보아서 쟁송기간 경과 후에라도 무효확인을 구할 수 있는 것이라고 봐야 할 것이다. 그렇다면 관련소송사건에서 청구인이 무효확인을 구하는 행정처분의 진행정도는 마포세무서장의 압류만 있는 상태이고 그 처분의 만족을 위한 환가 및 청산이라는 행정처분은 아직 집행되지 않고 있는 경우이므로 이 사건은 위 예외에 해당되는 사례로 볼 여지가 있고, 따라서 헌법재판소로서는 위 압류처분의 근거법규에 대하여 일응 재판의 전제성을 인정하여 그 위헌 여부에 대하여 판단하여야 할 것이다”라고 판시하여 이른바 명백보충설을 지지하는 견해를 표명하였다.
 
③ 대상 판결은 신고행위의 하자가 중대한 경우에 그 하자가 명백하지 않아도 이를 당연무효라고 볼만한 특별한 사정이 있으면 무효라고 판시하였고, 위 판결은 취득세 신고행위에 관한 것이지만 결국 취득세 신고행위에 터잡은 취득세 부과처분에 관한 하자에 대한 판례이다.


3. 결
행정처분이 중대한 법규를 위반하였음에도 그 하자의 존재가 명백하지 않다는 이유로 여태껏 수많은 중대한 법규위반의 처분이 유효로 취급되어 국민의 권리구제에 소홀한 점이 많았던 것이 현실이다. 명백성의 요건은 애매하고 재판관의 주관에 의하여 자의적으로 판단될 위험이 많아서 앞으로는 가급적 제한적으로, 궁극적으로는 처분의 무효원인에서 배제하는 것이 타당하다. 그런 점에서 대상판결은 의미 있는 획기적인 것이라고 할 수 있다.